E. cuniculi staat voor Encephalitozoön cuniculi. Het is een veel voorkomende infectieziekte bij het konijn. E. cuniculi is een eencellige (prozoaire) parasiet. E. cuniculi komt over de hele wereld voor. De parasiet vormt sporen en deze komen via de urine van het konijn in de omgeving terecht. Via deze sporen wordt de infectie overdragen.
De belangrijkste symptomen van E. Cuniculi bij het konijn zijn neurologisch (hersen/zenuw problemen). Verlammingen en een scheve kop zien we veel bij konijnen met E.Cuniculi. Echter, een konijn krijgt niet altijd symptomen na besmetting met E. Cuniculi.
In sporadische gevallen kan E. cuniculi een infectie bij de mens veroorzaken, maar alleen bij mensen met verminderde weerstand, bijvoorbeeld bij AIDS of na een orgaantransplantatie. Er is echter nooit een directe link aangetoond tussen een ziektegeval bij de mens en een konijn gehouden als huisdier. Het risico op encephalitozoönose bij de mens door contact met hun konijn is dus zeer klein.